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【2h】

KUPS: constructing datasets of interacting and non-interacting protein pairs with associated attributions

机译：KUPS：构建具有关联归因的相互作用和非相互作用蛋白对的数据集

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KUPS (The University of Kansas Proteomics Service) provides high-quality protein–protein interaction (PPI) data for researchers developing and evaluating computational models for predicting PPIs by allowing users to construct ready-to-use data sets of interacting protein pairs (IPPs), non-interacting protein pairs (NIPs) and associated features. Multiple filters and options allow the user to control the make-up of the IPPs and NIPs as well as the quality of the resultant data sets. Each data set is built from the overall database, which includes 185 446 IPPs and ∼1.5 billion NIPs from five primary databases: IntAct, HPRD, MINT, UniProt and the Gene Ontology. The IPP set can be set to specific model organisms, interaction types and experimental evidence. The NIP set can be generated using four different strategies, which can alleviate biased estimation problems. Lastly, multiple features can be provided for all of the IPP and NIP pairs. Additionally, KUPS provides two benchmark data sets to help researchers compare their algorithms to existing approaches. KUPS is freely available at http://www.ittc.ku.edu/chenlab.
机译：KUPS（堪萨斯大学蛋白质组学服务）通过允许用户构建相互作用蛋白对（IPP）的即用型数据集，为研究人员开发和评估预测PPI的计算模型提供了高质量的蛋白-蛋白相互作用（PPI）数据，非相互作用蛋白对（NIP）和相关功能。多个过滤器和选项使用户可以控制IPP和NIP的组成以及所得数据集的质量。每个数据集都是从整个数据库中构建的，该数据库包含来自五个主要数据库（IntAct，HPRD，MINT，UniProt和Gene Ontology）的185446个IPP和约15亿个NIP。 IPP集可以设置为特定的模型生物，相互作用类型和实验证据。可以使用四种不同的策略来生成NIP集，这可以缓解偏差估计问题。最后，可以为所有IPP和NIP对提供多种功能。此外，KUPS提供了两个基准数据集，以帮助研究人员将其算法与现有方法进行比较。 KUPS可从http://www.ittc.ku.edu/chenlab免费获得。

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